碧云寺创建于14世纪中的元宁宗至顺二年（1331年），是开国元勋耶律楚才的后裔耶律阿勒弥舍宅开山，净业始构（阿勒弥满洲语声誉也，旧作阿里吉，今译改），当时称作碧云庵，是一座供佛小舍，尽管规模不大，但却有：环峰叠翠、碧云香霭、曲径通幽、危桥跨涧、池泉印月、洞府藏春、修竹欺霜、乔松傲雪、奇桧连阶、楼台萧洒等著名的碧云寺十景。

碧云寺在明代两大宦官的扩建修饰下，成为西山佛寺数百中最宏丽、盖西山第一景的寺院，其生圹又被寺僧“供护甚力”而保存得极为完好。